Né le 14 octobre 1921 à Ollon et mort le 12 juin 1988 à Lausanne, Jean-Daniel Chapuis est fils de Paul Chappuis, pasteur et professeur de théologie pratique à l'université de Lausanne. Il suit à son tour des études de théologie à Lausanne et est consacré pasteur en 1949.

Il exerce successivement à Verviers en Belgique (1949-1950), à Ollon (1950-1955), à Sainte-Croix (1955-1965), et à Saint-Saphorin-Grandvaux (1965-1974). En 1974, il devient membre permanent du conseil synodal de l'Eglise évangélique réformée vaudoise dont il assura la présidence à plusieurs reprises (1974-1978, 1982-1986).