Gilles Bourquin est né en 1966 à Bienne. Il suit sa scolarité d’abord au Tessin, à Airolo, puis à Neuchâtel, où il obtient sa licence en théologie protestante, avant de s’engager comme pasteur dans l’EREN, au Nord Val-de-Ruz.
Marié et père de deux enfants, il entreprend alors un travail de doctorat à Lausanne, avec le professeur Pierre Gisel, afin de mieux cerner l’approche protestante des mentalités spirituelles contemporaines. Sa thèse est publiée aux éditions Labor et Fides en 2011, sous le titre "Théologie de la spiritualité".
Docteur en théologie systématique, il est chargé de quelques cours en théologie pratique par la Faculté de théologie de Neuchâtel, et reprend un poste pastoral à la paroisse réformée de Delémont.
Dès 2013, il entreprend une formation de journaliste au CFJM à Lausanne, et devient rédacteur responsable Berne-Jura au mensuel La Vie Protestante, jusqu’à la création du mensuel romand Réformés en 2016, à laquelle il participe activement et dont il devient un des deux premiers co-rédacteurs en chef.
Dès 2019, il reprend un poste pastoral à la paroisse de Rondchâtel, qui regroupe les villages au-dessus de Bienne.

Le site internet www.gillesbourquin.ch présente ses principaux articles publiés.