Après avoir été pasteur en paroisse à Meyrin (1977-85), à Pregny-Chambésy-Grand-Saconnex (1985-1996) et Montbrillant (1996-2005) Pierre Aubert poursuit son ministère comme aumônier-pasteur dans les hôpitaux universitaires de Genève depuis 2005.
Son travail consiste en des visites régulières auprès des patients au sein du département de chirurgie. Il est également membre laïc d’une commission d’éthique de la recherche en chirurgie et anesthésiologie.
Pierre Aubert est marié depuis 1978 à Danielle enseignante. Ses intérêts sont aussi divers que variés : outre la question de l’anthropologie chrétienne, autrement dit de la compréhension de ce qu’est l’être humain dans une perspective judéo-chrétienne - qui va déboucher sur la publication aux éditions du Cerf en 2010 : « Nicolas Berdiaeff. Approches biographique et anthropologique. Une protestation contre la déshumanisation » - il s’intéresse aussi à l’expression de la foi dans la peinture (en particulier chez Rembrandt) et à l’exercice de l’humour. Il ne néglige pas pour autant les loisirs tels que la natation, la lecture ou la marche.