Après ses études en théologie à l'Université de Neuchâtel et une année de stage à Glasgow, puis une autre à la paroisse francophone de Bâle, Bernard DuPasquier devient le pasteur officiel de Saint-Aubin.
Il choisit ensuite de servir Dieu "sur le terrain", et se rallie d'abord aux Unions chrétiennes suisses, avant d'être embauché à l'Entraide protestante suisse en 2004. Il y travaillera pendant 5 ans dans le secteur administratif, avant de devenir le timonier de Pain pour le prochain à Berne. En 2015, il succède à Beat Dietschy et devient le nouveau secrétaire général de Pain pour le prochain. La même question se pose dans chacune de ses activités: «Que faisons-nous ici-bas?»
Bernard DuPasquier est marié et père de 3 filles.