Né le 7 juillet 1959 à Saint-Loup, Jean-Baptiste Lipp est l’aîné d’une fratrie de quatre enfants. Il grandit dans une famille engagée et dans une paroisse engageante, à Lutry. Après avoir étudié au Collège de l’Elysée à Lausanne et au Gymnase de Chamblandes à Pully, il décide d’étudier la théologie, en vue du pastorat, mais aussi pour approfondir sa foi. Après ses études à Lausanne et à Tübingen, il devient l’un des assistants du professeur Klauspeter Blaser puis effectue son stage pastoral auprès d'André Perrin à Bellevaux.

En 1987, il épouse Dominique Lehner, à Sierre. A l’automne de la même année, après la consécration pastorale de Jean-Baptiste à Lausanne, le couple s’installe à Fribourg, où naissent leurs trois enfants, Madeleine, Clémentine et Augustin.

Pasteur francophone dans la paroisse bilingue de Fribourg durant 17 ans, Jean-Baptiste Lipp développe un ministère de pasteur généraliste en diaspora, tout en assumant une législature au Conseil synodal de l’EERF. De par son mariage mixte et son ministère en terre catholique, Jean-Baptiste Lipp acquiert des compétences dans le dialogue et la vie oecuménique à plusieurs niveaux, ce qui le conduira à être appelé à joindre le Groupe des Dombes ou à prendre la plume pour l'Echo Magazine.

Dès son retour dans l’EERV, Jean-Baptiste Lipp a fait partie de l’équipe ministérielle de la paroisse de Belmont-Lutry (2004 - 2017), puis de celle de Pully-Paudex (2017 – 2021). Depuis 2019, il fait partie du Conseil synodal de l’EERV et préside le Conseil Exécutif de la Conférence des Eglises Réformées Romandes.