Après avoir travaillé parmi les gymnasiens, Daniel Fatzer a été consacré comme pasteur en 1983 à Lausanne. D’abord généraliste dans plusieurs paroisses, il est devenu coordinateur d’une région de l’EERV, tout en donnant un coup de main à mi-temps dans la paroisse de Delémont. Il a été aumônier de jeunesse, puis appelé au poste de promotion de l’EERV. Il a également préparé les cultes radio pour le Canton de Vaud et représenté l’EERV au Salon romand du mariage à Beaulieu. Il a été l'une des chevilles ouvrières du F-Festival à Crêt-Bérard en 2007. Il a fait de la recherche de fonds. Depuis le 1er avril 2011, il est devenu l’un des deux pasteurs du lieu-phare de Saint-Laurent-Eglise à Lausanne, lieu de mise en valeur du protestantisme et de recherche pour le renouvellement du culte.