Après 14 ans d’enseignement, principalement en mathématiques, sur la Riviera vaudoise sauf une année au Laos, Jacques Dupertuis suit, dès 1987, un Cours spécial de formation pastorale à la Faculté de Théologie de l’Université de Lausanne, qui l’amène à la consécration pastorale dans l’EERV en 1991.
Il est dès lors pasteur dans la région lausannoise, puis à Vevey depuis 2000. En 2005, lors d’un congé sabbatique, il a suivi un cours biblique de 5 semaines à Jérusalem avec son épouse et parcouru le chemin de Saint-Jacques de Compostelle - 1600 km à pied.