Né en 1972 au Locle (NE), Jean-Daniel Courvoisier fait partie d'une fratrie de trois. Après des études de théologie à Lausanne, il fait un premier stage expérimental dans l'agriculture de montagne et un deuxième au Clinical Pastoral Training au CHUV à Lausanne.
Son stage pastoral se passe dans la paroisse de Montreux et sa suffragance à la paroisse de Ballaigues-Lignerolle (Jura Vaudois), puis à la paroisse d'Ollon-Villars. Il est consacré dans l'EERV en 2004.
En parallèle à son activité de pasteur, il organise des concerts classiques où il se produit comme hautboïste. Il est également aumônier militaire dans des troupes sanitaires à Moudon et membre du comité de l'Association des pasteurs et diacres vaudois (APD).